Pimpinan Akademi Pariwisata Indraphrasta Yogyakarta adalah Direktur dan Pembantu Direktur. Pimpinan Akademi Pariwisata Indraphrasta Yogyakarta bertindak sebagai penanggungjawab utama, disamping melakukan arahan kebijakan umum juga menerapkan peraturan, norma dan tolok ukur penyelenggara pendidikan tinggi atas dasar persetujuan senat Akademi Pariwisata Indraphrasta Yogyakarta.